Dnešní kůň ,Equus caballus,patří do čeledi Equidae spolu s osly a zebrami.Equidae spadá do řádu Perissodactyla,kam patří i tapíři a nosorožci,kteří pocházejí ze skupiny primitivních ,dávno vyhynulých předků všech kopynatých savců ,Condylarthra.
Fosilní pozůstatky umožňují vystopovat alespoň některé stránky vývoje moderního koně až do doby před nějakými šedesáti miliony lety a pochopit,jak se postupně přizpůsoboval změnám prostředí.
Doložená historie moderního koně začíná u Eohippa,rovněž zvaného ,,kůň úsvitu´´,tedy úsvitu věků ,o němž víme,že žil v Severní Americe v eocénu (před padesáti pěti až třiceti osmi miliony lety ).Eohippus ,zvíře ne větší než pes ,byl uzpůsoben k životu v lese a pohybu po měkké půdě .Měl čtyři prsty na předních nohách ,tři na zadních a polštářky jako pes.Jeho drobné zuby s nízkými korunkami se hodily na spásání listů a další nízké měkké vegetace.Měl pravděpodobně ochranné zbarvení ,které mu pomáhalo unikat dravcům.
Během oligocénu (před třiceti sedmi až dvaceti šesti miliony lety)nejprve Mesohippus a později Merychippus se začínají od svého předka odlišovat:nohy se prodlužují ,záda narovnávají (Eohippus měl záda vyklenutá )a celkově velikost zvířat narůstá.Jeden prst na předních nohách mizí ,takže na předních i zadních zůstávají prsty po třech.I zuby se mění ,premoláry (zuby třenové)se stále více podobají molárům(stoličkám.).V tomto pomalém evolučním procesu k nejvýznamější změně došlo v miocénu (před dvaceti pěti až sedmi miliony lety),kdy pralesy ustoupily bezlesým pláním a stepím ,na nichž se předkové koní usadili.Tato výrazná změna prostředí si vyžádala i změnu chrupu,určeného nyní na pasení namísto dřívějšího spásání ,prodloužení krku ,zjednodušující pasení ,prodloužení nohou ,umožňující rychlejší únik před dravci,a přizpůsobení nohou na tvrdý terén.V této době se také vyvinul jediný prostřední prst chráněný kopytem .Vnější prsty se již nedotýkaly země a prostřední prst se zvětšil a zesílil.
Pak se vývoj čeledi koní vydal různými směry a vzniklo několik podčeledí.Nakonec však všechny ostatní vyhynuly ,a tak jedinou spojnicí mezi Eohippem a moderním Equem zůstal Pliohippus.
Pliohippus se vyvinul před pěti až deseti miliony lety a měl dlouhé nohy s jedním kopytem na každé noze.Jeho přímý potomek Equus ,druh moderního koně ,se konečně objevil před jedním milionem let.
Během doby ledové,pleistocenské epochy,se Equus rozšířil přes pevnincké mosty,které v té době v Evropě ,Asii a Africe spojovali rozptýlené oblasti pevné půdy.Nicméně zánik těchto mostů(např. v místech dnešního Gibraltarského průplavu nebo Beringovy úžiny),když asi 10000 lety led ustoupil ,znamenal,že když zvíře na jednom kontinentu vyhynulo ,nemohlo se zde znovu rozmnožit-alespoň ne bez pomoci člověka.Přesně to se stalo v Americe :z nějakého nevysvětlitelného důvodu kůň zmizel .Objevil se zde teprve o tisíce let později,kdy ho sem přivezli evropští kolonisté.Všichni členové moderní čeledi Equidae jsou rychlými běžci s pouhým jedním prstem na každé noze(měkká rohovina nad kopytem koně-ostruha-je patrně pozůstatkem polštářků jeho předka Eohippa).Žijí ve stádech a jejich zuby jsou uzpůsobeny žvýkání rostlinné potravy.
Dnešní koně a poníci se zřejmě vyvinuli ze tří tipů,jejichž rozdíly byly způsobeny odlišnými životními podmínkami. V severní Evropě to byl pomalý těžký kůn(Equus silvaticus),od něhož se odvozují světová plemena těžkých koní.Pak zde byl primitiví asijký divoký kůň kertak,jehož potomci byli zjištěni ještě v roce 1881 (a nazváni koně Převalského),a nakonec ušlechtilejší tarpan z východní Evropy.
