Expedice na Atlantis musí čelit mnoha těžkým situacím, ale zvláště zcela novému nepříteli, který porazil i samotné Antiky. Tímto nepřítelem je rasa zvaná Wraitové. Ta je velice podobná dosti známým upírům, avšak Wraithové nevysávají ze svých obětí krev, ale jejich životní sílu. Expedice, stejně jako SG týmy, prozkoumává nové planety, poznává nové rasy, navazuje s nimi kontakty a zkoumá nově objevené technologie - ať už ty na Atlantis nebo na jiných planetách.
Seriál běžel souběžně se StarGate SG-1 po dobu tří sérií a jeho děj se s SG-1 občas prolínal. Od čtvrté série však seriál poběží samostatně, protože seriál SG-1 desátou sérii skončil.
Úkolem expedice je tedy prozkoumávat celé město Atlantis, novou galaxii, najít nový zdroj energie ZPM, který je potřeba k otevření Hvězdné brány na Zemi a také ubránit sebe i město před novými nepřáteli.